Era, fin da epoca napolenica, il carcere della città. Nel periodo dell’occupazione tedesca vi sono rinchiusi detenuti comuni, ma anche ebrei e antifascisti. Il carcere utilizzato dall’Aussenkommando Bologna ha un’area di competenza regionale, ragione per cui a San Giovanni in Monte affluiscono numerosi detenuti politici anche dalle province di Modena, Ferrara, Ravenna e Forlì.